O IFEEC é caracterizado por uma estrutura organizacional administrativa e didático-pedagógica. Essa estrutura é conjugada buscando a integração e o padrão nas ações de planejar e executar.
        Por outro lado, possibilita a descentralização, tornando possível a autonomia para os projetos na operacionalização de suas ações.
        Para atender aos seus objetivos institucionais, o IFEEC, conforme Estatuto Social,dispõe da organização administrativa: presidente, diretora financeira, diretor administrativo e conselho fiscal.
        Para a estrutura didático-pedagógica, são contratados pedagogos e outros profissionais de conhecimento específico, de acordo com o objeto do projeto a ser desenvolvido.